MEF Okullarında bir hekim ve hemşire ile hizmet veren sağlık birimi bulunmaktadır. öğrencilerin okul saatleri içinde başlayan şikayetleri olduğunda, ilk muayene ile konulan ön tanı doğrultusunda gerekli önlemler alınır. Devamında da öğrenci uygun uzman hekime veya tedavi merkezlerine yönlendirilir. Bunun yanı sıra; öğrencilerin hastalıklardan korunmaları için gerekli önlemlerin alınması, sağlıklı okul yaşamının sağlanması ve sürdürülmesine yönelik hizmetler (aşılama, gıda ve su numuneleri tahlili, portör muayeneleri, sağlık taramaları ve eğitim seminerleri vb.) yürütülür. Ayrıca beslenme komisyonuna katkıda bulunur.